按照这一轮的改革要求，质监、工商等部门的部分职能、人员和设备都将划入新组建的食药监机构，其中无可避免涉及部门利益以及人员编制。
 
　　据食药系统内部人士向南都记者介绍，在本届政府要求编制总数只减不增的前提下，新组建食药监机构的人员只能通过划转实现，但无论从工商还是质监划转，都存在不同程度的困难。
 
　　此轮改革还提出监管前移的要求：食药监管机构要延伸到乡镇、街道，要设立监管派出机构，配备必要的技术装备，填补基层监管的执法空白。
 
　　事实上，近年发生的病死猪、毒生姜、假牛肉等事件，问题源头都在基层。而现行体制下，大量监管人力和设备集中在省、市层面，全国80%以上的县乡镇没有专职人员和机构负责食品药品安全监管。因此，要充实基层监管力量几乎是从零做起。
 
　　以广东为例，由于职责调整，食品药品监管队伍3200名编制要从市县工商、质监划转；甘肃公布的数据，这轮改革将在1228个乡镇、115个街道设置食药监管所，在编人数达到5000人。
 
　　今年4月29日，广东省食品药品监管局在例行新闻发布会上透露，目前广东仍有1个地级市未出台“三定”方案，121个县市区中，有102个县市区方案出炉。“有40个县级的机构是刚刚组建的，一下子有20到30个编制，到位还比较慢。”人员不到位，基层监管力量就难以落实。
 
　　改革过渡期间监管薄弱期隐现
 
　　改革过渡期间，容易形成监管的薄弱期，国家食药监总局曾在多个场合敦促，要加快推进地方监管体制的推进。
 
　　江苏至今仍没有公布省级以下监管体制改革的实施意见，但是，长期关注食药监管体制改革的国家行政学院副教授胡颖廉注意到，江苏省以下质监、工商关于食品监管一块的财政经费已经取消。
 
　　“钱已经没有了，但人员却还没有划转，这样工作就很难开展，”胡颖廉说，“类似情况在全国各地比比皆是。”
 
　　在部分地方机构改革不到位的情况下，全国层面统一的行动难度加大。按照总局的设想，食药监管所设立后，将对所有生产食品的加工小作坊进行全面登记和管理，加强对农村和城乡结合部的食品质量安全。
 
　　5月6日，国家食药监总局召开首次食品国家监督抽验发布会。国家食药监总局发言人王铁汉坦言，由于全国各地食品药品监督管理机构改革尚未全部完成，尤其是基层的食品药品监管工作还在进一步整合中，很多地方职能还没有全部整合移交，人员还没有划转到位，增加了监督抽检工作实施中的协调难度和对不合格食品及其生产企业的处置难度。
 
　　胡颖廉的一个担忧是，目前改革看似是增加食药监管能力，但实则削减了食药监管的力量。原来质监、工商、食药都有职责，采取专项行动时，可以集中三四个部门的力量，但现在只能集中在新组建的食药监管机构，但目前人员没有到位，设备没有到位，甚至有些地方工商、质监划转到食药的人员连10%都没有。
 
　　“很多地方食药监局在改革后职责增加了，但监管力量、执法力量却没有相应地增加。”胡颖廉指出，尽管此轮改革要求监管力量下沉，但问题在于改革措施还没有落到实处，尤其是乡镇、街道建立监管所需要很长的过程，“一年两年都很难到位，这个过程就充满风险。”